El Obispado de Cádiz y Ceuta logró fondos del Gobierno de España para la restauración de la Iglesia de Santa Cruz. Ahora, junto con el Cabildo Catedral, lo vuelve a hacer, con cargo al 2% Cultural, igualmente, para la restauración del primer templo de la Diócesis. A la espera de la resolución definitiva, los ministerios de Transportes y Movilidad Sostenible y de Vivienda y Agenda Urbana destinan más de 725.000 euros, el 60% del presupuesto, para unas obras previstas pero que estaban pendientes de la resolución de la convocatoria de ayudas para conseguir viabilidad. Con todo, Obispado y Cabildo tendrán que hacer un enorme esfuerzo económico, casi 490.000 euros, para llevar a cabo unos trabajos necesarios para la protección, pero también para su puesta en valor, en una decidida apuesta por la Catedral.
De acuerdo al proyecto, el principal problema que presenta el edificio son los depósitos de sales que poseen tanto las fábricas como los morteros utilizados en su construcción, que cristalizan por la humedad dada su cercanía al mar o la lluvia. Por ello, se prevén ejecutar labores de limpieza, sustitución de carpinterías de la fachada y la consolidación del inmueble consagrado en el año 1838.
Además, Obispado y Cabildo se han propuesto la rehabilitación de la Torre de Levante y la puesta en valor de la Torre de Poniente para su visita turística y cultural, y en la que se han planteado actuaciones para el rejuntado y la reparación de pavimento, la instalación de barandillas de vidrio de seguridad, la modificación de la red de iluminación y emergencia y, finalmente, la reparación de la cubierta transitable.
Por último, el proyecto contempla habilitar el espacio existente sobre las bóvedas de techo de la nave lateral de Poniente, con acceso desde la torre, de menara que se incorpore al recorrido de la visita turística. Por un lado, se prevé la pavimentación del espacio interior, dejando las bóvedas emergentes del suelo sin revestir, que genere los espacios por los que podrán discurrir los visitantes, protegiendo así del tránsito el trasdós de las bóvedas. Y se llevarán a cabo las instalaciones de iluminación necesarias, evitando luminarias en pared o canalizaciones sobre la piedra.